chmod 000 com.google.Keystone.Agent.plist
costumava funcionar (evitava que o processo lesse o arquivo); mas parece que ele vai tentar excluir o arquivo .plist ilegível agora.
Combinando o comando acima com uma ACL adicional:
chmod +a "everyone deny delete" com.google.Keystone.Agent.plist
pode funcionar. Pelo menos, no meu teste, impediu a (re) criação de um arquivo .plist legível.