O SO elementar é baseado no Ubuntu, então eu teria uma olhada no /etc/rc
diretórios e ver se há uma entrada lá que está começando o mysql
O guia do Ubuntu para esse tipo de coisa sugere algo ao longo destas linhas:
rm /etc/rc*/*myscript
onde 'myscript' é o serviço que você quer parar de iniciar na inicialização