Suponho que você esteja usando o OpenSSH. É deliberadamente difícil atribuir uma senha ao ssh através de programação, porque normalmente é uma má idéia. Em vez de usar senhas, você pode usar a autenticação de chave pública ? Se assim for, o seguinte deve fazer o truque:
for cmd in [email protected]:/path/to/script/run.sh [email protected]:/path/to/script/run.sh; do
ssh ${cmd%%:*} ${cmd#*:}
done