Você já usa dois filtros em seu segundo exemplo. Eles são separados por uma vírgula. Adicionando todos os três no parâmetro -vf
:
-i "<FullSourceFileName>" -vf "transpose=1, scale=1280*min(720/1280\,576/720):720*min(720/1280\,576/720), pad=720:576:(720-1280*min(720/1280\,576/720))/2:(576-720*min(720/1280\,576/720))/2" -r 30 -qscale 0 -acodec copy -f avi -vcodec rawvideo -y "<OutputFileName>.avi"