Use um LiveCD do Linux para visualizar o conteúdo da unidade e excluir os arquivos inchados. Às vezes, o Mac OSX coloca arquivos extras em discos rígidos / flash drives quando as coisas são deletadas. Eles começam a ocupar espaço quando você os visualiza no Windows.
Eu sugeriria o download do UNetbootin . Pegue qualquer flash drive antigo, de preferência de 1gig, e transfira todos os arquivos para fora dele e em algum lugar seguro. Execute o UNetbootin, selecione "Distribution" e escolha "xPUD". Selecione a letra USB e clique em aceitar. Faça absolutamente certeza de que você selecionou o dispositivo USB correto, e não a letra da unidade F.
Uma terminou, retire o stick USB e reinicie o seu computador. Entre no BIOS e configure o USB para o primeiro boot. Isso geralmente é feito pressionando a tecla F1, F2, F10 ou ESC enquanto o computador está inicializando. Saia, salve as alterações e conecte o pen drive USB. Veja como as magias do Linux assumem seu computador e inicializem em um sistema operacional simples e rápido. Clique no grande ícone "Arquivo", navegue até seu hardrive e procure os arquivos covardes. Uma vez excluído, reinicie, puxe o stick USB, e você está pronto para ir. Exclua o xPUD. Opcionalmente, formate o pendrive.
Boa sorte!