in case there is a write error when writing to a USB pendrive (for example due to a bad sector), should the operating system give me a notice, an error message?
Sim, deveria.
Para informações sobre como confirmar a condição da unidade / sistema de arquivos, confira esta pergunta do SU:
como verificar o pendrive usb se tem setores defeituosos?
Se ainda estiver preocupado, faça o disco de redefinição várias vezes (em diferentes unidades USB).