Instale o o WPT e capturar um traço do xperf.
Copie isso para um arquivo .txt, renomeie-o para .cmd e execute-o a partir de um prompt de comando com direitos de administrador:
@echo off
echo Press a key when ready to start...
pause
echo .
echo ...Capturing...
echo .
xperf -on PROC_THREAD+LOADER+DISK_IO+DISK_IO_INIT -stackwalk DiskReadInit+DiskWriteInit+DiskFlushInit -BufferSize 1024 -MinBuffers 256 -MaxBuffers 256 -MaxFile 256 -FileMode Circular
echo Press a key when you want to stop...
pause
echo .
echo ...Stopping...
echo .
xperf -stop -d diskio.etl
Assista ao vídeo como ver o que causa o disco IO:
Ferramentas Defrag: # 44 - WPT - Análise do DiskIO
Se você não tiver certeza, faça um zip e envie o arquivo, vou dar uma olhada nele.