Não há como ocultar ou ocultar automaticamente, até onde eu saiba, mas você pode torná-lo transparente e instalar o Gerenciador de Configurações CompizConfig (CCSM):
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Ao contrário do inicializador, a barra superior fica sempre visível e não tem opção de ocultar automaticamente, mas pode ser ajustada para, pelo menos, ser transparente.
Se você quiser pelo menos torná-lo transparente, depois de instalar o Gerenciador de Configurações do CompizConfig, procure-o no Dash e abra-o. Uma vez aberto, procure por "Ubuntu Unity Plugin" (Under Desktop) e lá na aba General (a primeira aba que se abre) procure por Panel Opacity e abaixe a configuração de acordo com o seu gosto.
As configurações de opacidade vão de 1.0000 (sem transparência) a 0.000 (transparente), portanto, há muito espaço para ajuste fino. Eu acho que é o máximo que você pode fazer com isso.
Btw, você também pode encontrar essa ferramenta no Ubuntu Software Center.