Não há nenhuma maneira no momento. Na verdade, há até mesmo um segmento no Idea Garage no fórum do Skype sobre o assunto
Se um clique extra não for grande demais, você pode criar um pequeno script para alterá-lo para você, sempre que executar o Skype.
Ou, se você é aventureiro, pode tentar descobrir onde, no código do Skype, o tamanho da fonte padrão está definido e alterá-lo. Isso pode ou não funcionar, por favor, faça por sua conta e risco.
Desculpe, não pude fornecer uma solução simples, espero que isso ajude.