Acabei fazendo tudo detalhado na questão e, em seguida, reiniciei e mudei as portas na máquina. O pendrive voltou a uma velocidade decente depois, o que me leva a acreditar que é apenas um problema com a porta.
Não sei por que isso funcionou, mas os colegas de trabalho acabaram admitindo não ejetar corretamente a unidade flash ao removê-la (o que é uma ou duas vezes ao dia de segunda a sábado). Eu não tenho certeza do que efeitos nocivos podem ter (especialmente depois de fazer alguma pesquisa sobre o gargalo de leitura / gravação que o Win7 gosta de fazer com flash drives para minimizar o efeito de fazê-lo), mas a troca de portas USB parecia funcionar também como um aviso para tentar ejetar a unidade antes de removê-la.
Como o principal objetivo da unidade flash é manter PDFs e planilhas (que o Adobe Reader e o Microsoft Excel, respectivamente, leem e gravam diretamente), a principal preocupação era o fato de que uma planilha de tamanho modesto ou PDF levaria minutos completos para abrir no programa, quando um arquivo na área de trabalho, por exemplo, abriria em cinco a dez segundos. Depois de alternar as portas, os tempos de carregamento foram reduzidos entre a leitura do USB e a leitura do HDD.
Infelizmente, como ninguém no edifício tem ou pode obter acesso de administrador (alguém acima de nossas cabeças faz o controle periodicamente, e eles são os únicos com acesso total), fazer qualquer alteração no DM é irrefutável, Assim, quaisquer correções adicionais provavelmente serão consideradas irrelevantes e o acesso de administrador negado será executado: P
Obrigado a todos que comentaram; as sugestões são muito apreciadas e serão levadas em conta na próxima vez que isso acontecer. :)