Você deve tentar usar MP4Box da seguinte forma:
MP4Box -splitz 10:200 file.mp4
Isso tentará remover os primeiros 10 segundos e todas as mídias após o 200º segundo, preservando os quadros principais. Se o décimo segundo não começar com um quadro chave, ele usará o anterior. Outras opções de divisão podem ser encontradas usando:
MP4Box -h general