Não sei se é exatamente o que você está perguntando, mas nas preferências do Dropbox, na guia Avançado, há um botão "Sincronização seletiva ...". Você pode escolher quais pastas sincronizar.
Dê uma olhada aqui para referência.
Tenho várias pastas no Dropbox e não estão sincronizadas há algum tempo. Existe uma maneira de sincronizar dados apenas em uma única pasta?
Não sei se é exatamente o que você está perguntando, mas nas preferências do Dropbox, na guia Avançado, há um botão "Sincronização seletiva ...". Você pode escolher quais pastas sincronizar.
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