Você tem diretivas conflitantes em seus .Xresources. Tente remover uma das duas linhas:
Xft.hintstyle: hintfull
Xft.hintstyle: slight
E veja se isso funciona. Eu usei exatamente o seu .gtkrc-2.0 e .Xresources em uma configuração Xmonad relativamente não modificada no Ubuntu 12.04, e a configuração funcionou corretamente assim que eu removi uma dessas linhas.