Se o seu sistema não for executar arquivos do dispositivo de armazenamento USB, você não precisa se preocupar com vírus. Se você for apenas gravar dados no disco USB, esqueça-os.
Se você também precisar ler e analisar os dados provenientes do disco, alguém poderá tentar explorar alguma vulnerabilidade em seu software. Deve-se tomar cuidado para reduzir as possibilidades de introduzir tais deficiências (estouro de buffer etc.).
Preste atenção em desativar o recurso " autorun " de sua distribuição, se ela oferecer tal. Improvável em uma distribuição mínima incorporada.