O Conky sem parâmetros procura um arquivo chamado ".conkyrc" na sua pasta pessoal. Para usar outro arquivo de configuração você tem que usar o parâmetro "-c" ou "--config". Desta forma você pode começar o conky duas vezes ou quantas vezes você quiser, com cada sessão conky usando outro arquivo de configuração.
O arquivo .sh incluído no arquivo no deviantart inicia o conky sem parâmetros, então ".conkyrc" na sua pasta home será usada. = > A primeira sessão
Se você colocar o arquivo "conkyrc" do arquivo no Gnome-look em sua pasta home, você pode usar o comando "conky -c ~ / conkyrc". = > A segunda sessão.
Ambas as instâncias do Conky devem estar rodando, independentemente umas das outras, cada uma com seu próprio arquivo de configuração.