Eu não sei o que está causando o comportamento que você está observando, mas posso imaginar como está acontecendo:
Devido à maneira como o sistema de arquivos Unix funciona, é possível que um aplicativo abra um arquivo e, em seguida, o desvincule (isto é, exclua a entrada do nome do arquivo de seu diretório pai) - o identificador de arquivo permanece válido embora não haja nome de arquivo associado a ele, e o aplicativo ainda é capaz de gravar no arquivo, porque o identificador está apontando para o inode, não para o nome do arquivo.
Esse arquivo existe até que o aplicativo o feche. Meu entendimento é que essa é uma maneira comum de criar um arquivo temporário "privado" para um aplicativo.
Para encontrar esses arquivos, use
lsof +L
que mostrará o número de links para cada arquivo aberto (coluna NLINK) - os arquivos desvinculados têm 0 lá. Veja como um arquivo desvinculado se parece:
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE/OFF NLINK NODE NAME
...
mysqld 1126 mysql 11u REG 8,1 0 0 33603687 /tmp/ibMlwWQA (deleted)