Eu nunca tentei usar o Emacs com vários layouts de teclado, por isso não posso oferecer muitos conselhos, mas talvez esta questão do Stack Overflow e suas respostas podem ser de interesse. Mas, em geral, o gerenciador de janelas sempre verá sua entrada de teclado antes do Emacs dar uma olhada nele, então se o WM capturar uma tecla, o Emacs nunca a verá.