A maneira que eu estaria inclinado a fazer isso é deixar a instalação colocar todo o sistema no SSD, e montar o disco rígido (por exemplo como / data), então mova os diretórios que você deseja que residam no SSD para dentro. / data e symlink-los. Você tem certeza que quer mover / tmp e / usr embora? Me pareceria uma espécie de derrotar o propósito de ter um SSD em primeiro lugar.
Para mover um arquivo e criar um link simbólico é fácil -
cd / mv /dirname /data/dirname (wait while it moves, because its actually doing a copy + delete) ln -s /data/dirname /dirname
Eu sugeriria contra moving / tmp porque é um local temporário e deletado toda vez que o servidor for reiniciado, ou seja, o acesso a ele deve ser rápido, porque o que você sabe que o programa espera usar.
Da mesma forma, muitas das ferramentas que você usará (mas não o mv ou ln) estão em / usr, então por que você quer que elas fiquem lentas?