Isso não deve acontecer se você passar para o outro espaço de trabalho a partir do alternador de espaço de trabalho (normalmente, no canto superior direito). Certifique-se de que sua janela não esteja definida para aparecer sempre na área de trabalho visível (menu da janela principal no canto superior esquerdo da barra de título da janela). (a configuração certa para o que você quer é "aparece apenas nesta área de trabalho").
Veja também se a janela não está fixa (aparece em todos os espaços de trabalho). Isso é aplicado quando você clica no ícone pequeno à esquerda (pino ou circulo normalmente) na barra de título da janela ao lado do "menu da janela principal" (com maximizar ... fechar) no canto. Este botão nem sempre está lá, pois depende de temas e configurações.