Seu problema é provavelmente com a máquina virtual. Se o Gnome3 não conseguir carregar, ele é recuperado como Gnome classic (Gnome2) e provavelmente é o que acontece com você, a primeira captura de tela confirma isso.
Você pode tentar digitar:
gnome-shell --replace
no terminal para ver exatamente o que acontece, provavelmente não funcionará ou se o Gnome3 for forçado, você poderá ter alguns problemas gráficos. Ctrl + C mata o seu gerenciador de janelas e permite que você dê uma olhada em alguma saída de terminal.
Você pode não conseguir executar o Gnome3 em um ambiente virtualizado, tente usar o Google, mas, até onde eu saiba, ele requer suporte 3D.