O Gnome tem um programa de 'aplicativos de inicialização'. Se você estiver usando o Unity, deverá ser capaz de acessá-lo com <Super> start <ENTER>
. A partir daqui, digite o comando que faz o prompt aparecer. Infelizmente eu não tinha certeza do que você está se referindo, então eu não posso te dizer como fazer isso. Outro método está contido no wiki do Ubuntu para FolderEncryption