Do arquivo de lote, sem pré-configuração, obrigatório? /cmlist
permite fazer isso (estou usando o mesmo para propósitos de depuração do Visual Studio). Use os últimos alfas, é claro
ConEmu /cmdlist c:\App1\App1.exe -cur_console:n ^|^|^| c:\App2\App2.exe -cur_console:s1TVn ^|^|^| c:\App3\App3.exe -cur_console:s1THn ^|^|^| c:\App4\App4.exe -cur_console:s2THn
O delimitador entre "guias" é |||
, mas você precisa escapar do símbolo |
nos arquivos cmd.