Obrigado a @MarcusChan, onde por seu sugerido WinDirStat, que instantaneamente me ajudou a identificar o problema. Estou executando o Windows 7 e algumas das pastas parecem estar protegidas e precisariam de elevação por meio do UAC para visualizar o conteúdo. Quando eu estava verificando os espaços no arquivo através do Explorer, ele estava erroneamente relatando como não estava considerando os espaços para essas pastas que estavam ocupando o espaço.
O uso do WinDirStat tornou a imagem mais clara e, em seguida, ficou óbvio que a execução do Explorer como um administrador teria relatado as informações corretas.