Não há uma única resposta para essa pergunta.
Obviamente, as páginas da Web que contêm JS ou Flash devem ser dinâmicas, o código contido no JS / Flash pode não funcionar quando salvo.
No entanto, em geral, sim, existem maneiras de fazer isso.
HTTRACK é provavelmente o melhor caminho. Embora o wget (wget para Windows) também funcione (o wget está disponível na maioria das distribuições do Linux).
O HTTRACK tenta renomear a maioria dos links para que apontem para a cópia local do recurso e, portanto, os arquivos JS / Flash podem ainda funcionarem.