Eu tive um problema semelhante em que o login mostrava apenas o papel de parede por cerca de 40 segundos antes de mostrar qualquer outra coisa, mas logins subseqüentes eram rápidos até a próxima reinicialização. Eu também tive o mesmo comportamento em que fazer login em um terminal primeiro tornava o login gráfico rápido, então era uma coisa de uma vez por inicialização.
Mudei algumas coisas na tentativa de resolvê-lo, mas os prováveis culpados estavam desabilitando o IPv6 ou desabilitando o serviço couchdb. IPv6 é algo que eu não vou poder usar em nenhum momento no futuro próximo, e couchdb é algo que eu instalei há um tempo atrás e realmente não precisa estar rodando o tempo todo. Em qualquer caso, o tempo de inserir minha senha para ter uma área de trabalho utilizável agora é de alguns segundos.
Se a ciência exigisse, eu poderia sempre voltar e diminuir o que causou a desaceleração, mas eu tentaria primeiro o IPv6 e veria se algum serviço opcional está sendo iniciado (você poderia tentar usar BootChart para registrar sua inicialização e identificar quaisquer processos não essenciais que demorem muito tempo).