Quando você implanta várias VMs em um CouldService, só precisa definir AffinityGroup para a primeira VM criada, não as posteriores.
#Create VM with a New Cloud Service
New-AzureVM –ServiceName $cloudService -VMs $vmConfig -VNetName $virtualNetwork -AffinityGroup $affinityGroup
#Create VM into an existing Cloud Service
New-AzureVM –ServiceName $cloudService -VMs $vmConfig -VNetName $virtualNetwork
Niraj Bhatt tem uma publicação no blogue sobre este assunto Windows Azure IAAS & PowerShell - 5 dicas importantes .