Como o formato de hiperlink parece substituir o intervalo de 'Aplica-se a' ao CF, parece não haver uma correção muito simples. Se você estiver preparado para redefinir o intervalo Aplica-se após copiar vários nomes (ou seja, não 'em tempo real'), isso pode ser mais fácil. No entanto, você pode organizar a formatação condicional em uma coluna separada, para que o intervalo não seja interferido. Say use Use uma fórmula para determinar quais células devem ser formatadas (no momento, eu suponho que você esteja aplicando a opção imediatamente acima, ou seja, formate apenas valores únicos ou duplicados) e em Formatar valores onde esta fórmula é verdadeira:
=COUNTIF(A:A,A1)>1
assumindo que seus nomes estejam na ColumnA começando na Linha1.
O Aplica-se a: aqui seria a referência à coluna auxiliar (digamos = $ B: $ B).