Se o seu exemplo for preciso, basta adicionar as várias imagens como camadas no GIMP. O buraco na camada superior mostrará a boa imagem abaixo. O buraco na camada inferior não importa se a camada superior tiver bons dados para essa parte.
Ordene as camadas para que a melhor imagem esteja no topo e a pior na parte inferior.
Se você tem áreas de baixa qualidade que você quer tirar da média, isso é outro assunto.