A única maneira de descobrir como fazer isso é criar a mesma hierarquia de diretórios antes de adicioná-la ao arquivo zip.
Eu tenho um arquivo em /tmp/mylib.jar que gostaria de colocar no diretório lib contido em myarchive.zip. Eu sei que posso usar a opção -g para crescer o arquivo, mas não sei como especificar o diretório dentro do arquivo que o arquivo termina.
A única maneira de descobrir como fazer isso é criar a mesma hierarquia de diretórios antes de adicioná-la ao arquivo zip.