Em algum momento da edição, um editor abriu / salvou esses arquivos com a codificação errada. O que você deve fazer agora é:
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determine em qual (is) codificação (s) esses arquivos estão (mistura de Latin1 e utf-8, provavelmente),
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defina qual codificação você deseja (utf-8, talvez),
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encontre o melhor método para converter esses arquivos para a codificação definida na etapa 2 (íconev, talvez ou manual localizar / substituir),
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aplique esse método.