É possível salvar no arquivo atual sem que a caixa de diálogo seja exibida a cada vez
Não, aparentemente não. Eu acho que isso é porque evince é inclinado para a visualização de documentos (e talvez salvar uma cópia local deles) não editando. Você poderia arquivar um bug .
Na metade direita da primeira página, há uma caixa a seguir "Adicionar números nas linhas acima". Eu insiro um número e tento salvá-lo, mas depois de responder a mesma caixa de diálogo "salvar como", evince exists inesperadamente, e depois que eu reabrir o arquivo, a entrada para essa caixa se foi.
Isso funciona para mim, naturalmente, Ubuntu 11.04, então eu acho que isso é um bug que já foi corrigido.