É um pouco trabalhoso, mas você provavelmente poderia usar o comando xcopy com as opções /l e /s (ou talvez o /e ). A chave é a opção /l que informa para exibir uma lista de arquivos que são para serem copiados, em vez de fazer cópias. Por padrão, xcopy não copia arquivos ocultos ou de sistema para que sejam ignorados.