Eu tenho esse mesmo problema no meu servidor também. Eu não quero que o pure-ftpd comece.
Esta pode não ser a resposta que você gosta, mas há uma espécie de trabalho "gueto":
Antes de sair 0 no script /etc/rc.local, adicione esta linha:
sudo pkill <process name>
você pode apenas encontrar o nome do processo usando top e ter o servidor sql em execução.
se você não gosta do pkill, você pode colocar isso dentro do seu rc.local
sudo service stop <service name>
Você pode ter uma ideia do nome do serviço do seu nome de serviço ao executar no terminal:
find /etc/rc* | grep "sql"
Rc.local é executado depois de todos os scripts de inicialização, então o sql ficará ativo por menos de um segundo, mas terminará imediatamente.