Eu encontrei este comportamento em todas as versões do Windows desde o NT. O que eu vi evidência é que há algum tipo de bloqueio colocado na bandeja do sistema quando ele está sendo atualizado, se outro aplicativo tentou colocar sua entrada lá e não pode expira em vez de desligar o aplicativo. Eu não encontrei nenhuma maneira de restaurar o ícone da bandeja do sistema além de matar o programa e iniciá-lo novamente. Isso pode ser devido à inicialização em que muitos processos estão competindo por esse bloqueio, o que algumas vezes funcionou é usar a inicialização atrasada em alguns dos processos para garantir que o ícone da bandeja do sistema faça isso.
Claro, às vezes é só devido a erros no código do desenvolvedor.