Supondo que você tenha os codecs instalados (libavcodec52 ou similar) e ffmpeg, algo assim deve funcionar:
for i in 'ls /my/wav/dir/*.wav'; do ffmpeg -i $i -acodec libmp3lame 'basename $i .wav'.mp3; done
Sempre gosto de testar loops loucos primeiro para ter certeza de que a sintaxe está saindo corretamente:
for i in 'ls /my/wav/dir/*.wav'; do echo "ffmpeg -i $i -acodec libmp3lame 'basename $i .wav'.mp3"; done