Um possível erro na sua situação é que você selecionou uma pasta de instalação incorreta e que existem várias versões instaladas.
Instalar novos pacotes no cygwin envolve estes passos principais:
- execute o binário cygwin setup.exe
- selecione instalar da internet
- selecione onde instalar e onde salvar os pacotes baixados
- selecione ftp
- navegue pelos pacotes e clique nos números da versão (ou Skip / Keep) para selecionar o desejado.
- clique em próximo
É muito simples e não consigo imaginar que você entendeu errado. Talvez haja um conflito entre as opções "para mim sozinho" e "para todos os usuários"?