Você pode usar o comando trap
para dizer ao terminal que mate o túnel quando ele sair:
#!/bin/sh
# Create the tunnel
ssh -fCN -D 10000 server.com
pid=$!
# Tell the terminal to kill the tunnel on exit or error
trap "kill $pid" EXIT
# Launch Firefox
firefox
Quando você sair do Firefox, o shell sairá e matará o túnel.