Se o fabricante oferece criptografia, sua configuração é feita por meio de software fornecido com o seu disco rígido. Ele solicitará uma senha ou outro método de autenticação toda vez que você acessar sua unidade. Mas você tem que habilitar esse recurso.
A vantagem da criptografia interna é a velocidade da criptografia, porque provavelmente ela é baseada em hw (depende do fabricante e do tipo de unidade).