Isso parece acontecer muito no Windows 7, comparado ao Windows XP, por exemplo. Mas eu estou pensando que é apenas que o Win7 é mais "agressivo" no software de pesquisa, enquanto o WinXP não responde mais sem que o "Não está respondendo" seja adicionado à barra de título. Mas sinto que o desempenho real é aproximadamente o mesmo.
No entanto, se isso acontece apenas com programas específicos e não outros, então talvez o HDD tenha um setor ruim no local onde os dados dos programas específicos estão localizados? Tente instalar um desses programas em outro HDD e veja se o mesmo problema persiste. Se o problema desaparecer, é o HDD. Caso contrário, provavelmente está relacionado a como o programa funciona.