Não há como alterar esse comportamento.
A parte superior é para itens de inicialização de usuário personalizados, basicamente atalhos, a parte inferior é para lentes, como as lentes Applications
e Files & Folders
que são instaladas por padrão e há os itens Trash
do lançador que são fixos na parte inferior do lançador.
Você pode personalizar a posição de cada item em seu grupo, no entanto.