Eu estava tendo o mesmo problema e sua pergunta me indicou a opção --chmod. As configurações recomendadas parecem funcionar para mim. Estou usando o cygwin em um sistema Windows 7, sincronizando com um sistema FreeBSD.
% rsync -rltvu --chmod=ugo=rwX Applications unixhost:/windows/backup
Usando isso, o host de destino recebeu os arquivos com o modo de diretório 755 e o modo de arquivo 644.