Se você tem habilidades de programação, eu gostaria de ver o código-fonte do xbindkeys. Parece que está a um passo de poder ajudar aqui:
$ xbindkeys --key
é capaz de reconhecer CTRL + SHIFT e produz um código-chave (por mais estranho que seja: control + shift + shift ou algo similar), mas se você tentar usá-lo em um .xbindkeysrc ele não funciona (não pegá-lo) provavelmente porque estamos lidando com chaves modificadoras aqui.
Se meu entendimento estiver correto, os xbindkeys precisam reagir a essa sequência:
- Teclas de controle e Shift (qualquer ordem)
- Controle e desloca os lançamentos de chave (qualquer pedido)
- e nenhum outro evento importante entre
Só então sabemos que não é um Ctrl + Shift + a ou algo assim ...