Responder por Q1 : faça compilar o código fonte. make install move o arquivo binário compilado para o caminho de instalação de acordo com as configurações.
Responder por Q2 : Você não tem acesso root, então você não pode instalar o software no caminho padrão. Você realmente precisa passar o caminho (sob o seu diretório home) para ambos os comandos. Assim:
./configure --prefix=/home/YourUserName/path/to/R
e
make prefix=/home/YourUserName/path/to/R install
Eu tentei e funciona.
Para mais detalhes, consulte R-admin.pdf