O que eu faria é reinstalar usando /boot e / e deixar a partição /home sozinha durante a instalação. Uma vez que você instalou, você pode instalar cryptsetup, configurar sua partição em /etc/crypttab e /etc/fstab e você estará ausente. Eu suponho que você tem uma troca criptografada Para os detalhes, depois de ter instalado e reiniciado, abra um terminal e:
sudo apt-get install cryptsetup
cryptsetup luksOpen /dev/sda6 crypthome
cd /
mount -t ext4 /dev/mapper/crypthome /home
Edite os detalhes da partição e o tipo de sistema de arquivos conforme necessário. Agora você pode procurar /home e garantir que é o que você espera. Então você precisa colocar o seguinte em /etc/crypttab
crypthome /dev/sda6 none luks
cryptswap /dev/sda7 /dev/urandom swap
E em /etc/fstab , você precisa adicionar essas linhas ao final
/dev/mapper/crypthome /home ext4 defaults 0 2
/dev/mapper/cryptswap none swap sw 0 0
Faça uma reinicialização para verificar se tudo funciona conforme esperado e se você está ausente:)