Os dados de entrada têm para estarem em dois arquivos separados? Por exemplo, se o seu Input.txt se parece com isto:
Link 1|Target 1
Link 2|Target 2
Link 3|Target 3
...
Então você pode usar algo assim:
for /f "tokens=1,2 delims=|" %%i in (Input.txt) do @mklink /j "%%i" "%%j"