Desde que os controladores RAID sejam semelhantes (pelo menos pelo mesmo fabricante), há uma boa chance de o novo controlador reconhecer a configuração RAID já presente nos discos ou, quando você configurar o novo controlador com configurações semelhantes. (e não inicialize o array).
É mais provável que você encontre problemas de incompatibilidade de driver no próprio Windows depois de inicializá-lo.
IMO, obtenha uma unidade de backup, faça um backup completo do sistema e restaure o novo hardware. O NTBackup (ASR) e o Backup do Windows (System Image) oferecem isso, dependendo da sua versão do Windows.
É a maneira mais limpa de garantir que seus drivers no nível do kernel (como drivers de controlador RAID) estejam corretos. Além disso, se as coisas se abafarem durante a migração, você terá um backup para tentar novamente.