Suponho que você esteja usando wget --miror
. Soluções possíveis:
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Se as seções a serem preservadas estiverem nos diretórios, isso pode funcionar:
wget --exclude-directories=LIST
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Se você puder tolerá-lo, permita a condição de corrida, para que você possa sobrescrever as coisas e, em seguida, sobrescrevê-las novamente com um script que as restaure.
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Evite substituir os arquivos que você não deseja alterar.
chmod 444 index.html