Acho que seus discos rígidos têm alguns clusters ruins no início da unidade. Você pode fazer uma verificação de disco inicializando a partir de um meio como um DVD ou USB e executar um disco de verificação.
Abra o utilitário de comando e digite chkdsk C: /B
.
Isso pode demorar um pouco, mas lhe dirá tudo o que você precisa saber. Se você não conseguir descobrir os resultados, pode postar o resultado aqui.
Se o seu disco rígido contiver clusters defeituosos, você não poderá usá-lo para instalar o sistema operacional nele. Se eu fosse você, não faria nada com o disco rígido.
EDIT:
verifique este link para ver como você pode executar o disco de seleção na inicialização.