Depende de como você está conectado do linux ao seu servidor Windows. Se você tiver o rdesktop (que o rdesktop em um shell para ver se você o possui, ou pergunte ao seu administrador), o alt-tab funcionará corretamente se o seu foco estiver na sessão remota. Se não, dê uma olhada nesta página para ver se isso ajudaria você:
Se isso ainda não ajudar, talvez você precise fazer um mapeamento de teclado por conta própria.