Irritante, tenho certeza. Algo para tentar:
Coloque as portas 1-4 no modo RAID, conecte o HDD a uma dessas portas, bem como às SSDs. Crie o array desejado com os SSDs e não junte o HDD a nenhum array.
Verifique se o HDD está configurado como uma unidade de inicialização na configuração RAID.
Isso deve habilitar os recursos e benefícios do controlador AHCI / RAID para o disco rígido, mesmo que não esteja em um array.